واکسن‌های غیرفعال ازطریق کشتن میکروب‌های عامل بیماری با استفاده از مواد شیمیایی، گرما یا اشعه تولید می‌کنند. چنین واکسن‌هایی پایدارتر بوده و درمقایسه‌با واکسن‌های زنده بی‌خطرتر هستند. میکروب‌های کشته نمی‌توانند جهش پیدا کنند و به وضعیت بیماری‌زای خود بازگردند. برای نگه‌داری این نوع واکسن‌ها، معمولا نیازی به یخچال نیست و آن‌ها را می‌توان به‌آسانی به مناطق مختلف بُرد و به‌همین خاطر برای استفاده در کشورهای درحال توسعه بسیار مناسب هستند. بیشتر واکسن‌های غیرفعال نسبت‌به واکسن‌های زنده موجب ایجاد پاسخ ایمنی ضعیف‌تری می‌شوند. به‌خاطر همین موضوع ممکن است برای حفظ تأثیر واکسن نیاز به تکرار واکیسناسیون باشد.
واکسن‌های توکسوئید
واکسن توکسوئید ممکن است برای ویروس /باکتری که سم یا مواد شیمیایی مضر ترشح می‌کنند، مؤثر باشد. این واکسن‌ها زمانی استفاده می‌شوند که علت اصلی بیماری، سم باکتری باشد. دانشمندان دریافته‌اند که می‌توان با استفاده از فرمالین (محلولی از فرمالدهید و آب استریل) سم را غیرفعال کرد. چنین سم‌های که دیگر خاصیت سمی خود را از دست داده‌اند، توکسوئید نامیده می‌شوند و برای استفاده در واکسن‌ها بی‌خطر هستند.وقتی سیستم ایمنی، یک واکسن حاوی توکسوئید بی‌ضرر دریافت می‌کند، یاد می‌گیرد که چگونه دربرابر سم طبیعی واکنش نشان دهد. سیستم ایمنی آنتی‌بادی‌هایی تولید خواهد کرد که آن سم را مهار می‌کنند. این واکسن با ایجاد ایمنی محافظت کافی را در مقابل بیماری زایی عامل بیماری در دام (گوسفند و بز) ایجاد نماید